Rysunek 12. Homologiczna wymiana genów przy użyciu wektora zawierającego markery pozytywny „+" i negatywny „-". Region homologiczny (oznaczony niebieską linią) flankuje marker pozytywny (kolor zielony), geny reporterowe negatywne (kolor jasno niebieski) znajdują się w stosunku do niego zewnętrznie. Każdy z genów zaopatrzony jest w  odcinek promotorowy (►) oraz sygnał poliadenylacji (▼). Jeżeli wektor włączy się do genomu za pomocą rekombinacji homologicznej marker negatywny nie zostanie włączony do genu, natomiast gen pozwalający na selekcję pozytywną zastąpi część genu docelowego. W przypadku rekombinacji nieuprawnionej oba geny ulegną integracji z DNA organizmu. Istnieją dwa możliwe produkty zmodyfikowanego genu: białko warunkujące pozytywną selekcję np. neo (w przypadku rozpoczęcia translacji od promotora genu neo) lub białko hybrydowe zbudowane z części genu docelowego i transkryptu markera pozytywnego (rozpoczęcie translacji od głównego promotora).