Rysunek 3. Typy drzew. a) drzewo nieukorzenione; b) drzewo ukorzenione. Poszczególne litery symbolizują badane sekwencje, będące jednocześnie węzłami zewnętrznymi (liśćmi) drzewa. Odcinki między poszczególnymi węzłami nazywamy gałęziami, tak więc węzły są miejscami rozwidlenia rozgałęzień.